Komada等用配體親和層析法和免疫親和層析法將牛肺巨噬細胞清道夫受體純化，并從部分氨基酸序列克隆得到Ⅰ、Ⅱ型清道夫受體cDNA。隨后相繼克隆了人、小鼠的清道夫受體的cDNA，三種動物的Ⅰ型受體的氨基酸序列一致性為64%～81%，Ⅱ型受體一致性為60%～84%。除了體內巨噬細胞、體外表達的清道夫受體基因外，平滑肌細胞、肝細胞、內皮細胞也存在著清道夫受體。

成熟的Ⅰ型清道夫受體由453個氨基酸殘基組成，Ⅱ型清道夫受體約由349個氨基酸殘基組成，不同動物之間存在著差異。Ⅰ型和Ⅱ型清道夫受體在合成過程中，先合成亞基，然后再聚合成三聚體。雖然細胞內可以分離到二聚體和三聚體，但只有三聚體具有與配體結合的能力。

清道夫的配體非常廣泛。包括:①乙酰化或氧化等修飾的LDL。②多聚次黃-嘌-呤核苷酸，多聚鳥嘌呤核苷酸，但是多聚腺嘌呤核苷酸和多聚胞嘧啶核苷酸不是其配體。③多糖類，如硫酸右旋糖酐。④某些磷脂類，如絲氨酸磷脂。但磷脂酰膽堿不是其配體。⑤細菌脂多糖，如內毒素等。這些配體的共同的特點是多陰離子化合物，不過不是所有的多陰離子化合物都可作為其配體。由于Ⅱ型清道夫受體具有與Ⅰ型清道夫受體相同的功能，但沒有SRCR域，顯然配體結合域不在SRCR結構域。